Em 1568, quando D. Sebastião se torna Rei, aprova a Bula Papal, publicada na Regência do Cardeal Infante D. Henrique, para que os Bispos exercessem livremente autoridade sobre o poder civil, mesmo que em prejuízo do disposto nas Ordenações do reino, o que foi corrigido uma década depois, e aumenta a côngrua (vencimento) do vigário da Achadinha, de dez para vinte mil reis, demitindo de si, como Administrador da Ordem de Cristo, a nomeação dos padres beneficiados como vigários, curas e outros cargos, que passam a sê-lo pelo Bispo dos Açores após prestação de provas públicas, obrigando-se a residir nas paróquias. Em 1580 a Freguesia já possuía 123 almas de confissão em 48 fogos, estando ainda em exercício o seu primeiro Vigário, o Padre Pero Vieira.
Grande parte do chão da freguesia pertencia, desde quinhentos, a famílias de ricos senhores, como os da Casa dos Condes de Vila Franca (posteriormente da Ribeira Grande), que eram proprietários das Lombas da Salga e do Columbreiro, esta a antiga Lomba da Terça da Capitoa D. Filipa Coutinho, cujo rendimento revertia para sustento do Convento da Esperança, e da Criação Velha, nos termos de Fenais da Ajuda, e aqueles nobres também participariam nas fintas (contribuições obrigatórias) para as obras da igreja que não fossem responsabilidade da coroa, sendo o trabalho de construção sempre foi feito da população local.
A partir de seiscentos a população da Achadinha irá aumentar significativamente, possuindo a meio daquele século cerca de quinhentas almas, o que se devia em grande parte à melhoria da dieta alimentar proporcionada pela introdução de novos géneros agrícolas, como o milho, a batata doce a “batata da terra”, provenientes da América 16. Nessa altura a igreja contava também com um Tesoureiro, pago pela Fazenda Real e em 1648 esta despende 30$000 reis para obras de edificação da Sacristia e Capela-mor e em 1666 são atribuídos 100$000 reis para a torre sineira.
No início de setecentos a antiga imagem da padroeira, no altar, é substituída pela atual de Nossa Senhora do Rosário. Neste século faz-se sentir na Freguesia a reforma dos costumes conduzida pela Santa Inquisição, passando a serem corrigidos e punidos com admoestações, multas e mesmo excomunhões vários comportamentos que a moral modernista reprimia. Em 1705 proíbem-se aqueles que “assistiam” à missa dominical fora da igreja, respondendo do adro da mesma, à chamada do role dos confessados. O concubinato e comportamentos sexuais devassos são condenados depois de irem a julgamento, ou os pais multados se os filhos não frequentam a
catequese. Práticas mágicas e de feitiçaria também são reprimidas.
Na terceira década do século XVIII, já com arco da Capela-mor e capelas colaterais, a igreja continua a ser financiada pela Coroa para a aquisição de paramentos, em 1728, sinos para a torre e respetiva ferragem em 1731 e 1732, e trabalhos de carpintaria na Capela-mor e retábulo, dois anos depois. No entanto, quando o Bispo D. Valério de Sacramento visita a Achadinha, em 1743, constata que o templo ainda se encontrava bastante arruinado, tendo a torre caída e necessitando o pavimento de ser reformado. Ordena ao Vigário que solicite ao Rei o financiamento para suprir as necessidades da igreja, incluindo a compra de novos sinos.
Então não era permitido aos “mal enroupados” assistir à missa dominical de manhã, reservada aos senhores, lavradores, comerciantes e mestres de ofícios. Aqueles, escravos, criados e “homens de sacho” (trabalhadores rurais), deveriam assistir à missa de madrugada, para ao nascer do sol irem trabalhar. Na paróquia da Achadinha criam-se então a ermida de S. Bento e a capela da Salga.
Esta foi fundada por a localidade ficar distante da paroquial, possuir 160 pessoas de confissão, caminhos de acesso difíceis, que o inverno dificultava devido às caudalosas ribeiras que os atravessavam, inviabilizando a administração dos Santos Sacramentos aos enfermos, particularmente à noite, sendo-lhe atribuído um cura residente a partir de 1747, pago pelo erário público.
Já a ermida de S. Bento teve como padroeiro fundador o Padre António d`Amaral, construindo a ermida numa terra sua, cedendo à mesma 3,75 alqueires, em testamento, para as suas despesas de manutenção, designando um administrador da ermida após a sua morte. Em 173524 havia sido reconstruida e em 1747, na visitação do Licenciado Pedro Ferreira de Medeiros é elogiada a sua perfeição, grandeza, ornato e paramentos, mas notando necessidade de melhorar a serventia de acesso e de limitar o adro da ermida.
